Misc - 吉廣　卓哉

条件付き確率及び統計的指標を用いた発現量データからの組合せ的なタンパク質相互作用の推定 (非線形問題)

藤木 生聖, 井上 悦子, 吉廣 卓哉

電子情報通信学会技術研究報告 ( 電子情報通信学会 )  110 ( 82 ) 191 - 198   2010年06月

条件付き確率及び統計的指標を用いた発現量データからの組合せ的なタンパク質相互作用の推定

藤木 生聖, 井上 悦子, 吉廣 卓哉, 中川 優

研究報告バイオ情報学（BIO） ( 情報処理学会 )  2010 ( 33 ) 1 - 8   2010年06月

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本研究では，タンパク質や遺伝子発現量データを用いて，タンパク質間または遺伝子間の相互作用を推定するデータマイニング手法を提案する．提案手法では，発現している複数タンパク質の組合せが別のタンパク質の発現量に影響する相互作用モデルを想定し，条件付き確率を用いて，3 つのタンパク質が集まったときに初めて現れる組合せ的な相互作用が推定されるタンパク質の組合せを抽出する．提案手法を実際のタンパク質発現量データに適用し，統計的な分布に基づいて提案手法の有効性を検討する．This paper proposes a data mining method for predicting the interaction between three proteins (or genes) from protein (or gene) expression data. We assume the model that the total effect of three proteins A and B on C is far larger than the sole effects between two proteins A-C and B-C. In this method, we retrieve the combinations of three proteins (or genes) including the combinatorial effect using the conditional probability. We apply this method to real protein expression data, and examine the effectiveness of this method based on statistical distribution.

IP Fast Reroute方式SBRを用いた複数回の迂回が可能な動的負荷分散方式 (技術と社会・倫理)

原 正樹, 吉廣 卓哉

電子情報通信学会技術研究報告 ( 電子情報通信学会 )  109 ( 437 ) 241 - 246   2010年03月

IP Fast Reroute方式SBRを用いた複数回の迂回が可能な動的負荷分散方式 (インターネットアーキテクチャ)

原 正樹, 吉廣 卓哉

電子情報通信学会技術研究報告 ( 電子情報通信学会 )  109 ( 438 ) 241 - 246   2010年03月

発現量データからの相関係数によるタンパク質間相互作用の推定手法

村上 翔, 井上 悦子, 吉廣 卓哉, 中川 優

研究報告バイオ情報学（BIO） ( 情報処理学会 )  2010 ( 2 ) 1 - 8   2010年02月

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生命現象の仕組みを理解する方法の一つとして，タンパク質の相互作用の解析が盛んに行われている．しかし，発現量データを用いた 3 つ以上のタンパク質の複合的相互作用の推定は難しく，発展が望まれる研究課題の一つとなっている．本研究では，複数タンパク質が構成するタンパク質の複合体が別のタンパク質の発現量に影響する相互作用モデルに基づいて，相関係数を用いて，3 つのタンパク質が集まったときに初めて現れる相乗的な相互作用が推定されるタンパク質の組合せを抽出する手法を提案する．提案手法を実際のタンパク質発現量データに適用し，統計的な分布に基づいて提案手法の有効性を検討する．The interaction of proteins is actively analyzed as one of the methods of understanding the mechanism of the living creatures. However, prediction of combined interaction of three or more proteins that use the expression data is one of the research topics which is considered difficult. In this paper, we propose the technique for extracting the combination of the protein to which the interaction is predicted by using the correlation coefficient, and the technique based on the interaction model that the complex composed of two or more proteins influences the expression data of another protein. We evaluate the proposed method with real protein expression data and gine the result it based on statistical distribution.

IP Fast Reroute方式SBRを用いた複数回の迂回が可能な動的負荷分散方式

原 正樹, 吉廣 卓哉

研究報告インターネットと運用技術（IOT） ( 情報処理学会 )  2010 ( 42 ) 1 - 6   2010年02月

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本研究では、リンク状態型経路制御プロトコルを用いた IP ネットワークにおける動的な輻輳緩和手法を提案する。最短路ルーティングを行う場合には、最短路が特定のリンクに集中しやすく、そのため局所的に輻輳が発生しやすい。このため筆者らは、リンク故障時に即時に迂回路を利用してパケットを救出する IP Fast Reroute 方式の一つ SBR を応用して、輻輳リンクのトラフィックを局所的に分散させることで輻輳を緩和する負荷分散方式を提案したが、1 パケットは 1 回までしか迂回を許されなかったため、性能が限定されていた。本稿では、複数回の迂回を許すように拡張した手法を提案し評価を行ったのでこれを報告する。In this paper, we present a dynamic load balancing method for networks which deploy link-state routing. In shortest -path routing, traffic tend to be concentrated into particular links which are used by many shortest paths. Thus authors proposed a load balancing method using SBR mechanism, which is one of the IP Fast Reroute solution, but it bypass a packet only once and it is a limitation of this proposition. In this paper, we extend it to be capable of more than two bypasses.

発現量データを用いた相関係数によるタンパク質の複合的な相互作用の推定

村上 翔, 吉廣 卓哉, 井上 悦子, 中川 優

研究報告バイオ情報学（BIO） ( 一般社団法人情報処理学会 )  2009 ( 25 ) 5 - 8   2009年02月

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本研究では，タンパク質の発現量データを用いて，タンパク質の複合的な相互作用を推定するデータマイニング手法を提案する．提案手法では，複数のタンパク質が複合体を作り別のタンパク質へ作用する相互作用モデルを想定し，相関係数を用いて相互作用するタンパク質の組合せを抽出する．ベイジアンネットワーク等の従来手法と比較して，サンプル数が少なくても適用可能である特徴がある．また，提案手法を実際のタンパク質発現量データに適用し有用性を評価する．In this paper, we propose a data mining technique to retrieve combinatorial interactions of proteins from expression data of proteins. In our proposal, we suppose the interaction model that two or more proteins are unified into one complex protein and it acts on another protein, and we predict the interaction using correlation coefficient. Our method has a feature that we can apply it even if the number of available expression samples is not so large, compared with other existing methods such as Bayesian networks. We evaluate our method with real protein expression data and report about it．

ウシの経済形質に関与する新規バイオマーカーAnnexin A5アイソフォームの同定

池上春香, 園陽平, 永井宏平, 吉廣卓哉, 井上悦子, 小林直彦, 松橋珠子, 大谷健, 中川優, 森本康一, 松本和也

日本畜産学会大会講演要旨   111th   2009年

ウシの経済形質に関与する新規バイオマーカーAnnexin A5アイソフォームの同定:畜産分野における多検体プロテオームデータ解析を用いたバイオマーカーの探索

池上春香, 池上春香, 園陽平, 園陽平, 永井宏平, 永井宏平, 吉廣卓哉, 井上悦子, 小林直彦, 松橋珠子, 大谷健, 中川優, 森本康一, 森本康一, 松本和也, 松本和也

日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2009 (Web)   2009年

ブランド牛(飛騨牛)の繁殖農家のための種雄牛選択支援システム

史 琳晶, 井上 悦子, 吉廣 卓哉, 永井 宏平, 池上 春香, 松橋 珠子, 小林 直彦, 森本 康一, 松本 和也, 中川 優

全国大会講演論文集   70 ( 0 ) 677 - 678   2008年03月

判別分析を用いた形質への影響たんぱく質を発見するデータマイニング手法

横山 恵樹, 井上 悦子, 吉廣 卓哉, 中川 優

全国大会講演論文集   70 ( 0 ) 887 - 888   2008年03月

大規模なクラスタリング結果に対する探検型可視化システムの構築

多飯田 祐己, 井上 悦子, 吉廣 卓哉, 中川 優

全国大会講演論文集   70 ( 0 ) 893 - 894   2008年03月

無線アドホックネットワークにおける安定経路利用のための動的なリンクコスト変更

黒木 理佳, 吉廣 卓哉

情報処理学会研究報告インターネットと運用技術（IOT） ( 一般社団法人情報処理学会 )  2008 ( 15 ) 7 - 12   2008年03月

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無線通信網では、リンク品質の変動があるため、常に安定リンクを用いて通信することが望まれる。本稿では、リンクの安定度はそのリンクの通信継続時間で表されると考え、これに応じて動的にリンクコストを変動させることで、安定リンクを優先的に利用する経路制御方式を提案する。動的なコスト変更に際しては、経路ループ問題、及び経路反復問題を生じる。本稿ではこれらの問題に対する解決手法を提案し、その効果の検証を行った。It is known that the communication quality of wireless links are easy to change so that every connection is expected to use stable links in wireless ad hoc networks. In this paper, from the idea that the stability of a link is mesured by its continuous active duration, we propose a method to lead computed paths into stable links by modifying link costs continuously in wireless ad hoc networks. In changing link costs, the two problems called "routing loops" and "route oscillation" may occur. We also show that the proposed method avoids those problems by giving theoretical analyses and simulation results.

無線アドホックネットワークにおける安定経路利用のための動的なリンクコスト変更

黒木 理佳, 吉廣 卓哉

情報処理学会研究報告インターネットと運用技術（IOT）   2008 ( 15 ) 7 - 12   2008年03月

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無線通信網では、リンク品質の変動があるため、常に安定リンクを用いて通信することが望まれる。本稿では、リンクの安定度はそのリンクの通信継続時間で表されると考え、これに応じて動的にリンクコストを変動させることで、安定リンクを優先的に利用する経路制御方式を提案する。動的なコスト変更に際しては、経路ループ問題、及び経路反復問題を生じる。本稿ではこれらの問題に対する解決手法を提案し、その効果の検証を行った。It is known that the communication quality of wireless links are easy to change so that every connection is expected to use stable links in wireless ad hoc networks. In this paper, from the idea that the stability of a link is mesured by its continuous active duration, we propose a method to lead computed paths into stable links by modifying link costs continuously in wireless ad hoc networks. In changing link costs, the two problems called "routing loops" and "route oscillation" may occur. We also show that the proposed method avoids those problems by giving theoretical analyses and simulation results.

黒毛和牛の肉質に関連するバイオマーカーの探索

池上春香, 永井宏平, 吉廣卓哉, 園陽平, 小林直彦, 松橋珠子, 大谷健, 中川優, 森本康一, 松本和也

日本畜産学会大会講演要旨   109th   2008年

黒毛和牛の枝肉形質を診断するバイオマーカー候補タンパク質の探索:白色脂肪組織の大規模プロテオーム解析

池上春香, 園陽平, 永井宏平, 吉廣卓哉, 井上悦子, 小林直彦, 松橋珠子, 大谷健, 中川優, 森本康一, 松本和也

生化学     2008年

ウシの枝肉形質を規定するバイオマーカーの探索-質量分析を用いたタンパク質アイソフォームの解析-

池上春香, 永井宏平, 吉廣卓哉, 井上悦子, 園陽平, 小林直彦, 松橋珠子, 大谷健, 中川優, 森本康一, 森本康一, 松本和也, 松本和也

質量分析総合討論会講演要旨集   56th   2008年

飛騨牛由来白色脂肪組織の大規模プロテオーム解析

池上春香, 永井宏平, 吉廣卓哉, 園陽平, 小林直彦, 松橋珠子, 大谷健, 中川優, 森本康一, 松本和也

日本畜産学会大会講演要旨   108th   4   2007年09月

ブランド牛（飛騨牛）の品質向上のための肉質データベースシステムの構築

山本 直樹, 井上 悦子, 吉廣 卓哉, 中川 優, 小林 直彦, 永井 宏平, 池上 春香, 松本 和也, 川路 英哉

第69回全国大会講演論文集   2007 ( 1 ) 437 - 438   2007年03月

飛騨牛由来白色脂肪組織の大規模プロテオーム解析

池上春香, 永井宏平, 吉廣卓哉, 園陽平, 小林直彦, 松橋珠子, 大谷健, 中川優, 森本康一, 森本康一, 松本和也, 松本和也

日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2007 (Web)   2007年